Бывает при нарушении цепочки. Вроде, когда TDO залипает в нуле. Причин этому бывает масса - от плохого контакта до всего, чего угодно.
Можно попробовать в Debug режиме посмотреть состояние сигналов, или прогнать определение на пониженной частоте. Сам программатор стоит проверить на другой плате.
Плисы-то работают при этом? Лишнего нагрева нет?
Нигде при соединении S3 и V6 не смешали сигналы (и Vref) 3,3В с 2,5В?