При выборе Altera vs Xilinx я бы прошелся по предлагаемым/доставаемым платам/картам/возможностям дальнейшего развития (не забывая и про цены), а дальше уже решал бы. В конце концов, все эти болячки Xilinx'a тоже решаемые, и все основные возможности у них примерно одинаковые.
Мне лично больше импонирует Altera (по опыту соприкосновения с обоими), и для домашней лабы я бы упал на ее чипы (из-за более комфортной работы IMHO в ее EDA-tools). Опять же то, что меня интересовало в части приобретения boards/daughter cards etc, для Альтеры оказалось чуть-чуть удобнее/лучше доставаемо для Питера. Чуть-чуть.
Так что, если у вас в голове уже сложился красивый план работы с Xilinx FPGA, то ломать его, может быть, и не надо. Все решаемо, и работает. Чуть дольше, возможно, будете разбираться с какими-нибудь нетривиальностями, прячущимися на втором плане практики работы с тулами/чипами, но, так или иначе, обоих лошадей можно заставить ехать. В конце концов.

В общем, не так все страшно. В конце концов, надо с обоими монстрами уметь работать.