UBIFS поддерживает wear leveling, что частично решает проблему износа. Конечно, флешку убить все еще можно, но тут ничего не поделаешь.
С точки зрения равномерности износа делить NAND на разделы смысла не имеет, разве что так будет удобнее делать апгрейд неизменяемой части. К тому же, UBIFS поддерживает прозрачную компрессию, поэтому SquashFS существенной выгоды не принесет.
В целом, описанный подход довольно грамотный, так обычно и делают. Но всегда есть нюансы