При составлении задания на генерацию герберов выберете нужные галки:
Если отметить только Pads - будут только площадки монтажных отверстий, площадок виасов не будет.
Если отметить только Vias - будут только площадки переходных отверстий, площадок монтажных не будет.
Или Вам нужно сгенерить гербер, который будет содержать только площадки? Без проводников, полигонов и пр...
Тезис первый: Не ошибается лишь тот, кто ничего не делает.
Тезис второй: Опыт - великое дело, его не пропьёшь :).