Попробуйте в ld-файле в самом конце секции, относящейся к flash, вставить что-то типа:
Код
.text:
{
.......
. = ALIGN(1024);
} >FLASH
Может, сработает. Точно не могу сказать. Вообще, как правило эти вещи делаются уже баш/питон-скриптом, который дополняет bin-файл нужными данными - туда и контрольную сумму так добавляют.