Решение навскидку:
Читать значение RTC в прерывании какого-то таймера (частоту прерывания выставить в соответствии с необходимой точностью обнаружения момента изменения RTC).
По обнаружению изменения значения RTC, перепрограммировать частоту на период немного меньше секунды.
После получения этого прерывания, опять установить большую частоту прерывания до изменения RTC. и так далее. Надеюсь идея ясна.
Или решение проще: перейти на LPC - там в RTC есть все необходимые прерывания