Спасибо за полезные ответы!
На счёт пропуска тика очень похоже, но непонятно. Почему он пропускается?
Таймер и прерывания настройны правильно. На сколько я знаю микроКОС переходит в System режим при инициализации. В моём случае так есть, проверял все пять битиков установлены. Но можно ещё раз проверить.
Было бы интересно если можно было бы при симуляции отлавливать изменения ножек порта. На подобии uVision Debug functions в Keil'e.