Делал такое неоднократно.. Вкратце - делается прямоугольный (на Botom, который потом ложиться на "материнскую" плату) пад с металлизированным отверстием, по которому и проходит фреза (вид с Боттома).
Толстая грязно-зелёная линия - фрезеровка. Параметры пада:
Ну и соединение всех слоёв продублировано via на паде. Это коряво, но работает.