Вот хорошая статья про tftp-сервер на linux:
Setting Up a TFTP ServerЕсли я правильно понял, задача в том, чтобы залить загрузчик в SPI Flash, а ядро и rootfs в NAND и вы пытаетесь сделать это с помощью MfgTool? При этом, ядро записанное на SD-карту, грузится нормально, а то же самое ядро, загружаемое ручками из консоли, перезагружает проц?
Попробуйте залить в SPI Flash с помощью MfgTool загрузчик (в wiki это пункт 4:
SPI-Write uboot - запишет в микросхему SPI Flash только загрузчик imx28_ivt_uboot.sb (том /dev/mtd2)). А уже потом, из под загрузчика, с помощью команд tftpboot, nand erase и nand write, запишите в NAND ядро и rootfs.