Цитата(sifadin @ Oct 2 2014, 01:52)

Мне нужен скорее математический аппарат, который рассматривал бы процесс уплотнения на разных уровнях от локального до всего мешка
...Все стремяться к минимуму потенциальной энергии, но этот кубик не может встать на место потому что мешает вот тот
а тот потому что этот и есть некий порог энергии выше которого эта система прийдет в движение и перестроиться в новую конфигурацию.
Раз так, то послушайте более научный вариант ответа

. Есть такие "задачи молекулярной динамики". Это задачи того рода, какую 3D-форму в пространстве примет одна или несколько молекул, предоставленных сами себе. Химию глубоко знать тут нет необходимости, т.к. задача сводится чисто к геометрии, поскольку скелет молекулы способен вращаться вкруголя на каждом своем позвонке. Эта задача не имела бы смысла из-за бесконечного числа решений, если бы не то обстоятельство, что части молекулы липнут друг к другу, когда близко сближаются (это работают силы электростатики между по-разному заряженными атомами, из которых та молекула состоит). Если молекул взять две или больше, то по тем же причинам они могут слипаться еще и друг с другом, а не только самими с собой. В этом случае задача начинает все больше походить на вашу. Особенно, если внутреннее слипание запретить, а разрешить только межмолекулярные контакты.
У меня на ftp лежит программа для такого рода молекулярного моделирования
/pub/MODELING/HyperChem.v8.04-ZWT
поэтому я и в курсе этой проблематики.
Расчет можно начать с любой конфигурации, но обычно предпочитают близкую к линейной. После чего ее "отпускают", позволяя всем атомам не просто притягиваться друг к другу, но и изгибать скелет, строго следя за тем, чтобы он сгибался строго по правилам - ни в любом месте, а только вращаясь по "шарнирам". Т.е. проводятся итерации с шагами, когда действующие силы двигают материальные объекты (т.е. по механике Ньютона - сила вызывает ускорение). Через какое-то время, измеряемое числом шагов (а эти шаги компьютер делает тем быстрее, чем меньше размер молекулы, т.к. тогда ему меньше считать), где-то в одном месте произойдет слипание, тем не менее, расчет продолжают дальше, пока суммарная энергия не перестанет уменьшаться. Здесь расчетная энергия падает по мере того, как электрически заряженные группы сближаются в пространстве. Т.е. происходит именно так, как вы сами предположили.
Самая большая проблема молекулярной динамики не в том, как это считать (т.к. считают компьютеры, а их не жалко), а в том, что таких конформаций (т.е. устойчивых состояний, к которым итерации сходятся) может существовать очень много. Тогда как мы находим лишь ту, куда итерационной процесс угораздило скатиться. Если бы это был двумерный случай, то график потенциальной энергии были бы похож на ямы на картофельном поле, на котором только что выкопали всю картошку лопатами. Т.е. итерационный процесс, заточенный на поиск минимума энергии, попросту сваливается в первую же попавшуюся на его пути ямку, и выбраться из него самостоятельно не может, поскольку итерационный процесс идет лишь на понижение энергии. Это в вашей задачей эквивалентно тому, что засыпанные в бадью кристаллы принимают не самую плотную упаковку, а первую же, которая оказалась устойчивой (когда нижние ряды удерживают вес верхних, не деформируясь).
Так вот в молекулярной динамике с этим явлением борются так. Вводят понятие о температуре, которая представляет в этой модели колебательные движения скелета, когда он ходит ходуном. Т.е. добавляя температуру, достигают того, что вся конструкция начинает настолько сильно дрожать и вертеться, что при достаточно высокой температуре вполне могут порваться места, где ранее произошло слипание. Ведь сила слипания тоже энергетического плана, эквивалентная уменьшению энергии группировок в состыкованном состоянии. Но как только мы посредством повышения температуры добавим в систему энергию, превышающую энергию связи, то связь распадется.
Т.е. чаще всего температуру повышают настолько, чтобы более слабые связи распались (у них энергия ниже), а более сильные сохранились. А потом очень медленно остужают все это варево, позволяя образовываться липким связям в порядке уменьшения их энергии. В вашем случае это эквивалентно тому, что бадью со всем ее содержимым поставили на ультразвуковой вибратор такой мощности, чтобы содержимое бадьи "кипело". А потом медленно понижают мощность излучателя вплоть до нуля. Такая методика дает все основания надеяться, что упаковка получится близкой к наиболее плотной.
Как вы, должно быть, заметили, применяемые здесь методы исключительно численные, поскольку вывести какую-то формулу для решения этой задачи невозможно.