Цитата(DmitryR @ Oct 8 2014, 19:32)

Волшебная таблетка: убить файл .Annotation из проекта и физически, всё пересинхронизировать, cделать Back Annotation по приведённому тут рецепту. Теперь работает даже без WAS.
Но ещё момент. Чтобы не раскосячивались Schematics reference Designators на плате, надо сделать Component Links Update с установленной галочкой Footprints.
Итог. Если все делать правильно, не допуская рассинхронизации схемы и платы, не позволяя появляться левым файлам .Annotation,
проблем не будет. Не делайте сами себе проблем, каждое действие осознанное, с предсказуемым результатом.
А в общем хотелось бы послушать ваш анализ, почему у вас так получалось.