Цитата
четырёжпроводного JTAG не хватает для отладчика
Хватает.
Цитата
выдаётся сообщение "Unable to connect to TCP:localhost Unable to connect to device CTI_0_2
Проц в ресете не сидит случайно?
Попробуйте отключить SDMMC, подать питание и просто подсоединиться к процессору через DS-5 debugger, проверьте в настройках debugger'a, что там точно правильно задан программатор.
зы: если quartus_programmer, как вы говорите, видит HPS на плате, то все должно работать.