Цитата(peshkoff @ Jul 7 2015, 13:25)

рисуйте одну схему и два контура. на Board shape не обращайте внимания, это только для альтиума и красивого рассмотрения в 3Д.
сделаете с этоих контуров один набор герберов, в сопроводительной записке опишете, что там две платы и их вам надо разделить (если нужно)
Так и делаю. Но, если бы было два файла, тогда одну плату можно было вставить этажеркой на другую.