QUOTE (soldat_shveyk @ Jul 8 2015, 13:48)

Заводской проект для EPM2210 скачал, там PFL присутствует.
PFL может быть в Configuration Control Only mode.
Посмотри описание Programming Flash Memory Using the Nios II,
возможно у тебя джамперы поставлены на этот режим.