Уже несколько раз писал, но сейчас не помню в каком именно топике

У нас сделано так:
Allegro_Lib - корень библиотеки, тут лежат футпринты всех М/С(BGA/SOIC/QFN/QFP и т.п.)
Allegro_Lib/Connectors - понятно, коннекторы
Allegro_Lib/Discrete - мелочевка типа резисторы/кондеры/диоды/транзисторы - все, что имеет 2-3 пина, исключение резисторные матрицы
Allegro_Lib/Misc - все, что не попало в остальные разделы - мех. футпринты, кварцы/осцилляторы, нестандартные модули, рэперные точки, крепежные отверстия, реле/кнопки и т.д.
Allegro_Lib/Padstack - все падстэки используемые в либах, без разделения на типы/формы
Allegro_Lib/Shape - шейпы для нестандартных падстэков
Можно делить еще более мелко, но установить где граница трудно, а поиск потом будет затруднен. А такого разделения оказалось достаточно.