Для выбора нужного чего-то "наедьте" мышой на то место, где это нужное находится, не кликайте мышой, но жмите ТАВ - будут всплывать по порядку подсказки о всех объектах находящихся в данном месте. Дойдете до нужного - кликнуть. Еще всегда можно в Find снять птицы с объектов, с которыми сейчас не планируете работать.
Правда почему у Вас куча текста навалена друг на друг я понять не могу - аллегро в принципе работает так, что "наваливания" чего-бы то ни было можно избежать с самого начала.
С полигонами не так удобно... я редактирую именно переключая слои. Правда переключаю гор. клавишами с загрузкой соответствующих .color-файлов(кажется такое у них расширение), но именно переключаясь(хотя иногда быстрее кликать в Visibility, но там не все нужные вещи включаются-отключаются). Разные полигоны на разных слоях при одновременном их отображении - это каша на экране, увы

ЗЫ Да, привычка жать ПКМ для выбора опций в общем не совсем плохая - в панели Options на экране только основные опции, как я и писал выше, а полный их набор именно в меню на ПКМ зарыт.