Для заряда, наверное, лучше ставить микросхему специализированную, например MCP73831.
Хорошо бы еще защищать сам аккумулятор от переразряда - либо взять уже готовый защищенный, либо ставить контроллер самому.
Как сказывается буферный режим на деградацию емкости аккумулятора - нужно смотреть внимательно документацию на применяемый аккумулятор и сопоставлять с режимом работы. В зависимости от конструкции у них может быть разное назначение - для буфера, для запаса солнечной энергии, для больших токов и т.п.
Есть сведения что использование литий-иона в режиме неполного заряда (например не до 4,2, а до 4,1 или 4,0 Вольта) увеличивает срок службы аккумулятора.
Некоторые данные тут
http://batteryuniversity.com/learn/article...based_batteries