Похоже, что после синхронизации Core PLL и системных часов, Вам придётся привязывать к Core PLL и синхронизировать один из таймеров (могут непосредственно генерить событие IEEE1588 со штампом времени).
С клоками таймеров в описании Ситары немного мутновато, есть некоторые нестыковки. Вроде бы, напрямую к Core PLL не привязать (хотя, странновато это, и стоит перепроверить). Но через внешний вход таймера можно завести что-нибудь, привязанное к Core PLL.
Как вариант, можно подстраивать не Core PLL, а внешний
VC TCXO (заменить им кварц, подстраивать с помощью зафильтрованного выхода PWM). Т.е., придётся набросать немного "соплей", но тогда все клоки будут синхронизированы.
Ну а насколько удастся привязать кадры USB к событию IEEE1588 от таймера, сразу сказать трудно. По событию можно сгенерировать прерывание и т.д. и т.п. Думаю, что по прерыванию в 1мкс уложиться можно. Но с прерываниями придётся разбираться довольно аккуратно, м.б. напильником поработать в части приоритетов, и т.д.
Как вариант, выход таймера завести на какой-нибудь вход, который может сгенерить передачу кадра USB. Если такой вход найдётся, ессно. Типа внешнего запуска DMA и иже их.
Крче, с этим надо уже конкретно разбираться.
А вообще, тема довольно интересная. Периодически всплывает. Правда, мне ни разу не пришлось её полноценно подымать. Разве что, заготовки в проекты закладывал, но не понадобилось.
Если будет что получаться или наоборот, держите в курсе. Реально интересно, чем дело закончится.