Можете еще в Pin Planner'е мышкой порасставлять ваши выхода/выходы по пинам. Прямо так мышкой берете за вход/выход и тащите его на нужный Вам пин кристалла.
Цитата(addi II @ Mar 17 2016, 17:08)

а если там ножек за тыщу????

Все равно где-то придется вводить это дело ручками - в Квартусе или еще где. Но и делается это раз и навсегда.