а использует кто-нибудь spread spectrum модуляторы тактового сигнала?, то есть можно ли схемотехникой поубирать палки или все-таки pcb? Опции

[yes]

судя по спектру, помеха (палки за 1ГГц) от питания ядра ПЛИС , больше в проекте такой частоты нет.

у ON Semi или IDT полно модуляторов на такие частоты ~30МГц

------------

проблема, что проверить результативность достаточно сложно/долго - вот хотелось бы поинтересоваться, можно ли ожидать снижения путем "врезки" в линию тактирования ПЛИС такого модулятора, или все-таки сконцентрировать усилия на переразводке pcb?
http://www.onsemi.ru.com/pub_link/Collater...MS650100H-D.PDF

[krux]

но там с геометрией в плане есть проблема (по-моему) - это питание идет вдоль одного торца платы

если получилась щелевая антенна - вполне возможно.
надо ещё катушки и все острые углы и торчащие хвостики по питанию просмотреть внимательно.
может добить переходных для снижения индуктивности.

при плохой pcb SSC может дать обратный эффект - общий уровень помех упадёт, но вылезут палки на определенных резонансах, которых раньше не было.