Симулировать можно. Те же Hyperlink и Sigrity справятся с моделированием. Полигонов питания, трасс и проч. Сигрити даже может 3д построить по излучению, насколько я помню. Но вот знаний для моделирования и анализа это требует немало. Можете, до прибытия СВЧшника, поковырять программы. А вообще, по уменьшению излучения, есть немало разнообразных статей (даже просто рекомендации производителей по разводке плат).
Если бы вы показали, хотя бы, скриншоты... Возможно, народ и сможет чего посоветовать) Может у вас даже банально стекап неудачный

Мы ведь этого не знаем...

Зрелищ бы народу и новых знаний

Тоже скоро плата с GPS предстоит... Хоть посмотреть как они выглядят изнутри