Работаю на IAR MSP430 5.10.1 и там тоже самое. Думал в новых версиях наконец-то сделают сохранение bookmark, но видимо не судьба.
Пока пользуюсь тем, что перед выходом из программы оставляю на экране то место программы, которое отлаживал последним. Заметил, что программа сохраняет позицию на экране в каждом файле перед закрытием среды и при повторном открытии восстанавливает.
Хоть какая то замена bookmark