Похоже Вы добавили не листы, а схемы. Проект с несколькими листами выглядит как на этом скрине:
и он аннотируется полностью без вопросов. Мало того - у него невозможно отключить аннотацию на некотоорых листах, максимум можно управлять форматом нумерации.
А у Вас скорее всего получилось что-то в этом роде:
Аннотация работает на главный дизайн(root, со слэшем на значке).
Остальные либо остаются "в стороне", либо из них(из каждого схематика, который тоже может быть многолистовым) делается иерархический модуль и включается в root - тогда такие модули будут аннотироваться(здравствуйте свойтсва instance и occurence), передаваться на плату и т.д.