Почитал я ссылку, не понял, почему LVDS должен быть особенный. Оба циклона, и первый, и второй, нормально работают с LVDS. "Протокол LVDS" - слова неправильные, LVDS - это физический интерфейс, он определяет только уровни сигналов. А слово "протокол" определяет последовательность передачи чего-то. Часто под словом "LVDS" подразумевают (и зря) систему из сериализатора и десериализатора с уровнями LVDS в последовательном канале. Вам это надо? Тогда в Quartus даже мегафункция такая есть. А вообще задаёте на нужных парах выводов ПЛИС уровни LVDS, запитываете банк с этими выводами от 2,5 В и запихиваете внутрь ПЛИС любой протокол.
--------------------
|