оживлю тему.
подобная ситуация проявилась на кристалле 5CSXFC4C6.
Error (209025): Can't recognize silicon ID for device 2. A device's silicon ID is different from its JTAG ID. Verify that all cables are securely connected, select a different device, or check the power on the target system. Make sure the device pins are connected and configured correctly.

из 10 микросхем, выходит на одной.
не контрафакт, т.к. микросхема закупается напрямую у дилера Intel.
перепайка кристалла и флеш не помогла.