T-образная разводка тактовых сигналов на двух потребителей согласуется звездой состоящей из трех резисторов. Сопротивление каждого резистора R = Z/3. Где Z волновое сопротивление дорожки. Наличие этих резистров обязательно даже при коротких дорожках.

Читаем "Начальный курс черной магии".
Выравнивание длин дорожек необходимо для совпадения фаз генерируемых частот. Разрешающей способности подстройки фазы PLL в Cyclone не достаточно для точной компенсации фазовой ошибки.
Поскольку PLL в Cyclone запитывается ТОЛЬКО с глобального тактового входа, а не с глобальной сети, то каскадирование PLL возможно только при помощи ВНЕШНЕЙ петли - о выравнивании фаз в этом случае лучше вообще забыть.