Цитата(Sanes @ Nov 7 2017, 00:30)

Длительность прерывания проверял - 3 мкс.
В расчёт надо принимать частоту таймера а не ядра. В таймере есть модуль умножения частоты.
"fHRTIM x 8U = 1.152 GHz - Resolution: 868 ps - Min PWM frequency: 17.6 kHz (fHRTIM=144MHz)"
Ок. Я просто не пытался использовать STM32 для сложных проектов. Там где нужен ШИМ на высокой частоте, мой выбор - Texas.
Но если таймер этого семейства STM32 может работать в режиме Hi Resolution, то вопрос по этому поводу снимается.
Если у Вас частота обновления ШИМ 100кГц, то вся обработка данных (и все измерения), задействованных для расчётов ШИМ, должна проводится с этой частотой.
Если у Вас по факту задержки сравнимы с частотой сети, то вероятно в алгоритм где то затесались параметры, которые рассчитываются с этой частотой.
RMS или что-то подобное. Проверьте ещё раз код, чудес не бывает.