У некоторых производителей есть типовой тех процесс.
Если заказ в него вписывается - цена одна,
если требуются доп. действия, то это доп. деньги.
А на срочном заказе они не хилый процент к стоимости прибавляют.
Этим смысл "металлизировать" крепежные отверстия и определяется.
Правда металлизация автоматом влечет требование присутствия Min Annular Ring, что не всегда приемлемо.
По поводу галочки...

Если ее нет, то к цепи цеплять такое отверстие бессмысленно, и соответственно от меди до отверстия будет зазор, согласно Design Rules'ов.