Цитата(dvladim @ Dec 17 2017, 22:00)

А что значит по отдельности программируются?
Установленный JTAG разъём оставил только для MAXII, все проводники идущие к MAX10 отрезал.
Для MAX10 навесным монтажём добавил другой разъём и необходимые резисторы.
В таком варианте обе пары чипов программируются и изделие работает.
Но это на плате оп.образца (чисто поиграться).
Сейчас надо 50 плат заказать.
Цитата(dvladim @ Dec 17 2017, 22:00)

И пробовали ли квартус другой версии?
Изначально стоял 16.0, поставил 17.1 результат тот же.
Цитата(dvladim @ Dec 17 2017, 22:00)

В принципе всегда можно сделать jam файл для одной схемы и вручную поменять значения для PRE/POST IR/DR.
Наверное из-за недостаточной образованности - ничего не понял.