Первое, что бросается в глаза, это частокол переходных отверстий.
Для такой платы, где макс. частота будет 20-50 МГц, и то только в районе генератора, это совершенно излишне.
Смело уменьшайте кол-во переходных в 20-50 раз

Почитайте про разводку кварцев у МК. У любого производителя МК есть руководство. Обычно делают охранное кольцо земли сверху и выделенный участок земляного полигона снизу. И все это подключается в одной точке к земле МК.
Упомянутые линии под резисторами нужны только в случае старой технологии, где на верхней стороне платы размещены выводные компоненты, а SMD стоит снизу. SMD ставится на точки клея по центру и потом вся плата паяется за один проход волной припоя. Так вот эти линии улучшают приклеивание и снижают расход клея. Для других технологий они не нужны, более того, занимают место для трасс между площадками.
Про футпринты можно много говорить, но это бесполезно, пока вы не скажете, какая технология сборки ждет ваши платы.
Ручная пайка по одной точке и автоматизированная групповая пайка - это два крайних требования.
И футпринты желательны разные. Ваши - для ручной пайки - площадки макс. раздвинуты в стороны, чтобы была медь за контуром компонента, куда можно ткнуться паяльником.
Для групповой пайки площадки должны быть симметрично под металлом компонента, чтобы силы поверхностного натяжения расплавленного припоя центровали легкие компоненты по центру.