Цитата(scifi @ May 22 2018, 11:01)

Переход из загрузчика в приложение надо делать так:
...
4) Если да, запускает приложение. Если нет, затирает метку и продолжаем исполнять загрузчик.
Тогда никаких проблем с повторными инициализациями не будет.
Не совсем правильно. При такой последовательности действий, если потом, при работе основного приложения, произошёл сброс МК без потери питания (по WDT например) или с кратковременной потерей, то при старте будет пропуск бутлоадера, чего очевидно не должно быть.
Так что метку надо затирать и перед передачей управления из бута в основное ПО, а в основном ПО не использовать это место в ОЗУ.
А можно просто корректно написать инициализацию EMC-контроллера (и остальной периферии) не рассчитывающую, что в регистрах периферии находятся дефолтные значения. По-крайней мере той периферии, которая используется в бутлоадере и основной программе.

У меня в бутлоадере я знаю какую периферию использовал и просто перед передачей управления основной программе делаю RESET для данных периферийных модулей. Благо что возможность подать RESET на конкретный периферийный блок в моём МК имеется (да и в LPC43xx она есть).