Делаем в "МАРСЕ" они сверлять в два этапа.
у них в бланке заказа пункт есть такой 'список неметализированных отверстии'.

Уменьшение контактной плошадки может не помочь, мы уже так делали в Новосибирске, все равно метализируют
Так что надо смотрет у производителя плат допуски на смешение отверстии ну и по возможности делать место вокруг крепежа посвободнее