К сожалению, два JTAGа у меня стоят именно потому, что ИАРовский драйвер MSP-FET для LPT не позволяет сформировать свою цепочку JTAG. Т.е. возможна отладка только одного MSP и больше ничего в цепочке быть не должно

.
Я просто неправильно понял Вашу фразу о нескольких процессорах, посчитав, что они находятся в одной цепочке. Вот например в настройках AVR-JTAG в том-же ИАРе можно указать устройства, которые стоят в цепочке до и после AVR-ки:
Project -> Options -> C-SPY -> закладка JTAG ICE1 --- там есть пункт "Target device is part of a JTAG daisy chain"
Может что-то подобное есть и для MSP?