Когда хочешь выставить переходное должно стоять Bubble\ShoverPreferred тогда переходное будет раздвигать трассы во всех слоях, если разберешся с опциями, то сможешь ещё и переходные раздвигать. Сколько ни работал на алл-ре, никогда не задавался вопросом "как блокировать выставление переходного в пад", процедура слайда накинутой трассировки позволяет оч легко и гибко убирать такие конфликты