Если Вы будете работать с МК через JTAG, то на время работы с JTAG ножки будут работать исключительно на него. При нормальной работе ножки работают как нормальные ножки

Я не помню, какой ток могут обеспечить PRGS и FET, но резистор в 10к передавливает легко. Впрочем, почти всегда удавалось эти ножки использовать по минимуму.