Вычищать их проще простого.
Но для этого надо их делать готовыми к вычищению

Поясню:
- В утилите выбираете Custom Line Width, пишите туда, например 11 (это в mils'ах), ширину надо выбирать такую, которую вы на плате не используете.
- далее создаете все как обычно,
- а что бы удалить заходите в меню Options/SelectionMask и выбираете там только линию с заданными параметрами (в WinXP это квадратик в нужном поле), далее задаете толщину линии точно такую же как задавали в утилите в милсах, в моем примере это будет "11mil". Вводить единицу измерения (mil) обязательно. (по другому у меня не получалось)
- далее выделяете всю плату и жмете клавишу Del.