Как уже сказали, нужно поставить птички напротив нужных слоев в окошке Gerber Setup, но
даже для слоя Keep Out нельзя ставить еще одну птичку в свойствах линии (см. рисунок), если она должна выводиться, иначе в Гербере этих линий не будет.
Эскизы прикрепленных изображений