Для Spartan-II я отличий не обнаружил, когда применял сам. Ссылка, которую вы указали на Spartan-3 в явном виде не распростроняется, поэтому посмотрите на вот такой документ: [http://direct.xilinx.com/bvdocs/userguides/ug332.pdf] (Spartan-3 Generation Configuration User Guide) - Spartan -3A, Spartan-3E, and Spartan-3 FPGA Families (with ISE 8.2.03i Design Examples). Может этот документ Вам поможет.
Часто при загрузке полупустой не сжатой прошивки в ПЛИС, не требуется дополнительных 8 CCLK для Startup Sequence, поэтому про эти 8 импульсов часто забывают - может это как раз Ваш случай ?
Цитата(Skorp @ Feb 1 2007, 11:00)

Просто в созданном сжатом bin файле MSB был 7 битом
А в предыдущем был 0 битом.
Все может быть, но если я правильно помню, в обоих случаях MSB для *.bin файла в архитектуре x86 является D7.