Беглый взгляд на Ваш проектик выявил несколько принципиальных ошибок:
1) В данном случае совершенно не следует применять разводку в 2 слоя - схема тривиальна, и вполне разводится в один слой. Это экономически выгоднее, и позволяет самому изготовить печатку "утюжно-лазерным" способом.
2) Если уж разводите в 2 слоя, не забываете включать опцию "металлизация отверстий".
3) Внимательнее и рациональнее располагайте компоненты на площади печатки - если у Вас развернуть несколько деталей на 90 или 180 градусов, длина дорожек существенно сократится, а конфигурация будет изящнее. Конкретнее сказать не могу - у Вас не проставлена нумерация деталей. Смотрите, к примеру 2 емкости по выходу кренки. А верхний левый угол платы - вообще шедевр!

Такого накрутить даже при большом желании будет сложно... Не бойтесь вращать детали, подыскивая их оптимальное расположение.
4) Все надписи на Вашей печатке сделаны на слое М1 - а это рабочий слой, т.е. надписи будут вытравлены и на плате. Их следует делать на слое К1 (или К2).
5) Как было уже отмечено в предыдущих постах, кварц следует располагать максимально близко от пинов контроллера, благо в Вашем случае этому ничего не мешает.
6) Не вижу смысла в вертикальном расположении резисторов. На плате места - "умататься", поэтому весь резон отказаться от доп. операции по формовке выводов, а просто класть эрики непосредственно на плату - это повышает ее вибростойкость (если требуется).
7) В порядке рекомендации: пока не научитель разводить и травить печатки, по возможности, делайте ширину дорожек побольше (у Вас - 0,4 мм, для сигнальных проводников этого достаточно, а вот по питанию лучше меди не жалеть. Я бы посоветовал 0,6-0,8 мм).
8 ) Важно! Перед тем, как разводить печатку, нарисуйте контур платы. Это делается в слое Ф (крайняя правая кнопка)
Кроме того, мне неочевидно применение нижнего ряда сопротивлений (8 штук). Это что - защита по входам? Тогда ее следует делать иначе, как минимум, шунтируя входные пины емкостями, а лучше - и стабилитрончиками. Если же это выходы, то данное замечание снимается.
К сожалению, в данный момент не располагаю временем, можно было бы предложить иной вариант расположения деталей и трассировки (односторонней).
В качестве примера привожу печатку одной из своих старых поделок на Меге 8. (Заодно послушаю критику оппонентов.

)