С частотной модуляцией особых проблем не будет если, модулирующий сигнал не будет иметь постоянную составляющую и длительность импульсов модуляции намного меньше (раз в сто) чем время перестройки ГУНа ФАПЧем.

Модулирующий сигнал легко подмешивается в сигнал управления ГУНом.