Если во внутренних слоях исплользуется 35 мкм фольга, то допуски на её подтрав больше, чем для 18 мкм, которая исползуется на внешних слоях. Поэтому зазоры и минимальная ширина проводников выбирается из этих соображений. Плюс точность совмещения. Ведь сделали внутренние слои, спрессовали. Потом начинают сверлить. Но ведь "не видно" куда сверлишь. А внешние слои накладывают уже по просверленной заготовке, поэтому тут точность совмещения выше - видно, куда накладывать шаблон.