Предлагаю схему, которая не нагружает ТТ по выходу и позволяет снимать с него именно ток, а не напряжение.
Если у Вас дифференциальный АЦП или есть возможность использовать 2 АЦП (с одновременным захватом в УВХ), то схема как раз то, что Вам надо.
Если же у Вас только один АЦП, то следует внести следующие изменения:
R6 - 100 Ом ( а не 2к4)
R8, C2, C3 - не нужны.
Если возможна подача тока при отключенном напряжении питания 5В, то предлагаю защитить измерительные цепи встречно-параллельным включением двух диодов на выходную обмотку ТТ. Нормальной работе измерителя они не мешают, т.к. он (измеритель) поддерживает выходное напряжение равное 0В, отбирая для этого необходимую величину тока (нулевое входное сопротивление).
Эскизы прикрепленных изображений
Почему разработчики систем повышенной надёжности плохо справляются с простыми проектами? :)