Попробуйте заменить в схеме и на плате на ПЛИС с однотипными гейтами (или просто на набор однотипных однопиновых гейтов), сделать нетлист, сделать бэк аннотейт. Ну а потом наоборот (родную ПЛИС в схему и на плату, нетлист, форвард).
Пробовать лучше на кошках (на копии проекта

).