Ну, "лучше" зависит от того что Вам надо. Если Вам нужен аппарат действущий вне ПК, то PCI просто отпадает. Если Вас интересует скорость, так посмотрите
сюда, PCI намного быстрее чем USB2.0. Писать driver для ПК проще для USB чем PCI. USB1.1 slave очень легко реализуется в простом МК от Microchip и многих других, с PCI Вам понадобится или ASSP, или ПЛИС. Любой интерфайс имеет свои плюсы/минусы, все зависет от Вашей цели.
In Mozilla, you keep tabs on your browser. In the USSR, your browser keeps tabs on you.