После последовательности
FF FF FF FF AA 99 55 66
Начинается непосредственно битовый поток.
Причем, последовательность AA 99 55 66 обязательно должна попасть в ПЛИС. Это синхрослово, которое является признаком, что дальше пойдет конфигурация.
Это справедливо по-крайней мере для спартана. Но возможно и для остальных.
Сцылка:
http://www.xilinx.com/bvdocs/appnotes/xapp452.pdfЦитата(andrew_b @ Sep 4 2007, 16:00)

Не понял вопроса. Там все, кроме заголовка -- это конфигурационная последовательность.
Судя по количеству сообщений спрашивающего - он хочет знать, где именно заканчивается заголовок