Я посмотрел вашу плату.
Основная проблема заключается в том, что при запуске трассировщика он пытается завернуть связи внутрь микросхемы, перекрывая путь другим трассам.
Прежде всего надо заставить трассировщик делать фаноуты наружу. Для чего изменил правило для LCC компонентов (у вас именно такой). Чтобы виа, появляющиеся у фаноутов не сбивали с толку трассировщик я их сделал маленькими.
Для трасиировки такой платы надо сделать новую стратегию из Default for 2 layer. В ней надо удалить процедуру Fanout Plane, а вместо нее добавить Fanout Signal. И в конце добавьте три процедуры чистки.
И все, вы получаете 100% трассировку.
Эскизы прикрепленных изображений