Доброе утро!
Значит так: в Options кликните на пункте Post Process Settings в появившемся окне Post Process правой кнопкой мыши кликните на нужном слое. В появившемся меню выберите Properties (всё тоже самое можно сделать так: выделив левой кнопкой нужный слой нажмите на клавиатуре Ctrl+E) и в нём поставьте птичку в ячейке Keep Drill Holes Open. Полученный Гербер можно распечатать из Gerber Tools, хотя лично я экспортирую в postscript, преобразую дистлером в Pdf, а уже затем уже печатаю. Видимо я не люблю лёгкие пути

.
Блин, похоже обманул: диаметры сверловки опять в слое одинаковые

.