1. Генерим герберы
2. Открываем в герб-туле, создаем новый слой, импортируем в него файл сверловки (File->Import->Drill)
3. Конвертим дрилл в гербер в 2 разных слоя (Tools->Convert->DrillTo Gerber)
4. Один из полученных слоев делаем комозитным с топом, другой - с боттомом (Setup->Composites, в окошке дав кнопку New Composite, далее на появившйся справа композитный слой перетаскиваем мышкой топ и один из полученных герберных слоев сверловки, аналогично для боттма)
5. В композитных слоях для топа делаем полярность дарк, для сверловки - клеар (давим правую кнопку мыши на слое в дереве композита и выбираем)
6. View->Overlay отрубаем галку, View->Composites врубаем галку. На экране видим что хотели
7.
З.Ы. Названия менюшек и кнопок в описанной процедуре относятся к ГербТул в.13.0, которой и рекомендую пользоваться.