ВладимирВсе корпуса нарисованы в топ оверлее. Сейчас проверил, если дип корпус размещать на нижнем слое, то автоматически и цвет корпуса становится боттом оверлей, то есть парные слои работают на автомате. В механических слоях насколько себя помню, отродясь ничего не рисовал

Постом выше я написал как решил эту проблему. Еще в рульках вот что написано по поводу Multilayer Check:
Use this to place bottom layer surface mount components under top layer through-hole components.
Может быть еще и от версии зависит, у меня сто лет не обновленная AD6.0