Похожие проблемы были, только с EPM240, точно не помню какие манипуляции я проделывал, в результате стало работать. Попробуйте отсоединить разъем и прошить, квартус ругнется, затем подключить и снова прошить, может повезет. Случайно, второе приложение квартуса не открыто, с программером?
|